Con mayor frecuencia, este crecimiento anormal de tejido ocurre en las trompas de Falopio, los ovarios, la superficie externa del útero y otras partes de la pelvis. Muy raramente, la endometriosis puede afectar otras partes del cuerpo, incluidos los pulmones, la piel o el cerebro. 

El tejido endometrial desplazado se engrosa y se descompone cada mes, sin embargo, no hay lugar para que la sangre escape del cuerpo. Esto puede conducir a quistes ováricos, tejido cicatricial, inflamación, dolor, bloqueo de las trompas de Falopio y adherencias (tejidos fibrosos que pueden formarse entre los órganos y conectarlos), entre otros problemas.